Vào ngày 4 tháng 7 năm 2020, mưa lớn đã gây ra lũ lụt ở đảo Kyushu phía nam Nhật Bản. Vào lúc 5 giờ sáng giờ địa phương (UTC+9), Cơ quan Khí tượng Nhật Bản đã nâng mức cảnh báo mưa lớn lên mức 3, tức mức cao nhất ở nhiều khu vực của quận. Đây là lần đầu tiên Cơ quan Khí tượng nâng mức cảnh báo như vậy tại các khu vực này.[6] Họ cũng cho biết lượng mưa chưa từng thấy trước đây này đã phá vỡ kỷ lục về lượng mưa trong khu vực.[7] Mật độ mưa vượt quá 100 milimét (3,9 in) mỗi giờ.[8]

Tính đến ngày 6 tháng 7 năm 2020, 49 người được xác nhận đã chết,[9] trong đó có mười bốn người là cư dân trong một viện dưỡng lão bị ngập lụt ở Kuma, Kumamoto.[6][7] Thống đốc quận Kumamoto, ông Ikuo Kabashima tuyên bố rằng nhiều người đã bị mắc kẹt sau khi bùn và nước lũ tràn vào viện dưỡng lão.[4] Theo một tình nguyện viên cứu hộ, khi họ về đến viện, nước vẫn ngập ở tầng một. Các nhân viên cứu hộ đã cố gắng giải cứu những cư dân đã lên được tầng hai nhưng không thể tiếp cận những người ở phía bên trái.[8] Theo các nhân viên tại viện dưỡng lão này, họ đã di tản những người ở trong đó vào lúc 5 giờ sáng và đưa họ lên lầu. Tại tầng một, khi nước tràn vào tòa nhà, họ đặt những cư dân có xe lăn lên trên bàn trong phòng ăn. Tuy vậy, các nhân viên đã không thể giải cứu những người đã chết sau khi nước tràn qua cửa sổ và những người ngã ra khỏi bàn.[10][11]

Sau những cơn mưa suốt đêm, chính quyền đã hướng dẫn hơn 75.000 cư dân sơ tán tại hai quận Kumamoto và Kagoshima.[12] 203.200 cư dân được hướng dẫn trú ẩn tại chỗ, cùng 109 nơi trú ẩn cũng được mở cửa trong khu vực.[6]

Sông Kuma chảy tràn qua bờ ở mười một địa điểm khác nhau và phá vỡ một con đê.[9] Một con đê bị vỡ gần thị trấn Hitoyoshi, Kumamoto và nhanh chóng bị dòng sông Kuma nuốt chửng.[6][12] Ở Kuma, Kumamoto, cư dân mắc kẹt được giải cứu bằng trực thăng. Tám ngôi nhà bị cuốn trôi ở Ashikita, Kumamoto.[7] Ở Tsunagi, Kumamoto, 2 đến 3 người được khiêng ra khỏi đống đổ nát của một trận lở đất, không hề có dấu hiệu của sự sống. Khoảng 8.000 ngôi nhà bị mất điện ở Kumamoto và Kagoshima. 6.100 ngôi nhà khác được ước tính bị nhấn chìm, 11 cây cầu bị phá hủy[13] và 4.700 tòa nhà bị phá hủy, hư hỏng hoặc ngập lụt.[3]

Một con đê bị vỡ gần thị trấn Hitoyoshi, thường được biết đến với suối nước nóng và hoạt động chèo thuyền, nước từ dòng sông Kuma tràn vào. Những người tình nguyện từ hiệp hội thuyền bè địa phương ở Hitoyoshi đã sử dụng bè của họ để giải cứu những người dân bị mắc kẹt trong thị trấn bị ngập lụt. Ít nhất 17 người ở Hitoyoshi đã chết.[6][12][14]

Vào sáng ngày 7 tháng 7, nước sông Chikugo đã tràn vào Hita, Ōita, chính quyền địa phương đưa ra cảnh báo cấp cao nhất cho cư dân.[15]